且说上清宫由于年久失修，在明嘉靖年间以前已残破不堪。《重修古迹上清宫记》说，已“废为荒田野坡，徒有旧址在焉；碑志石础，悉为筑今洛城周围之基，而无镌刻一字在焉。庙之废兴隆替不知其几易也”。

    明嘉靖年间，伊王妃方氏独自承建“铁瓦老君殿”，全真道龙门派传人、上清宫道士张玄恭和马静渊又四处奔波，以十方募化之资，重建了三清殿、玉皇阁等殿堂，上清宫面貌一新。三清殿祭祀玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清太上老君，太上老君即老子。玉皇阁供奉玉皇大帝，俗称“老天爷”，老百姓信老天爷。

    元末，今洛阳老城北大街处始建祖师庙，明代续建。此庙原祭祀道教鼻祖老子，后改祭真武大帝，就是那位以龟、蛇形象现世的真人。祖师庙至今仍保留元代精美绝伦的建筑风格，令人叹为观止。

    古人称有水的城壕为池，称无水的城壕为隍，但无论有水无水都要有护城河和城墙，都要修建一座城隍庙，让城隍神来保护这座城市。河南府城隍庙为明代所建，其内威灵殿供奉的威灵公即城隍爷，他有一把巨形算盘，记下人的善行和恶行，善有善报，恶有恶报。洛阳还有城隍出巡之俗。旧时，每逢农历三月初三、八月十五、十月一城隍出巡，城里的善男信女就将庙中的城隍爷请出来游街，鸣锣开道，仪仗威严，浩浩荡荡。

    关林是明代在洛阳城修建的最大的庙。明万历二十年（公元1592年），关林在东汉末年关帝庙的基础上重建。关林祭祀三国名将关羽。关羽与刘备、张飞结义，破黄巾、斩华雄、杀车胄、水淹七军，立下赫赫战功，他的忠义仁勇为历代帝王所推崇。“侯而王，王而帝，帝而圣，圣而天，褒封不尽，庙祀无垠”，他俨然成了神。重建的关林占地200亩，隆冢丰碑，殿宇堂皇，古柏苍郁，冢庙林三祀合一。

    关林的大殿也称“平安殿”。其墙上绘的“关帝降妖除魔”壁画，栩栩如生。据说，关羽法力无边，能保一方平安。因此，许多祭拜关羽的信众都在此祈祷，以求全家平安。关林的三殿前有一棵“旋生柏”，不仅树干呈螺旋状生长，连大小树枝都旋生，实为罕见。据传，关羽被封为“三界伏魔大帝”后，每有驱魔降妖之事，他都于此乘白气旋转升天，天长日久，白气影响了柏树，柏树因而旋转生长。

    关羽还有“武财神”之称。据说，洛阳毛家村有一人叫毛存仁。他开始经商时，曾在关羽像前祷祝“生意茂盛，于关陵立杆”，后果然应验，遂立旗杆于庙前。消息传开，想发财的人都争先恐后祭拜关羽。如今，关林一带成了中国著名的集贸市场。在关林二殿的墙壁上绘有“发财图”壁画，正中为武财神关公，两边是“药王”孙思邈和火神。关公身前有一红马，马背上驮一盘子，盘子里满是元宝，此画寓意“马上发”。

    明代在洛阳城外也大兴土木。在宜阳，福昌阁拔地而起，层层石阶之上庙宇高矗。福昌阁主殿供奉真武真人，两侧侍从却是周公、桃花女，更有各路神仙近百位，玉帝、菩萨、孙悟空、钟离权、吕洞宾……几乎是天地全神，大概是倡导“三教合一”吧。孟津建有碧霄元君庙，供奉碧霄元君、十殿阎君等。嵩山重修有中岳庙，祭祀“天中皇帝”中岳神。

    老君山有老君庙、十方院、救苦殿等道教胜迹。明万历二十三年（公元1595年），明神宗诏令大规模重建老君庙，并为其赐名“金顶太清宫”。明建老君庙庙宇铁椽铁瓦，坚如磐石，金碧辉煌。庙前有老君骑青牛铜像，老君仙风道骨，青牛摇头摆尾。庙前有古钟，铸于明万历十九年（公元1591年），钟围花纹精美，上镌“皇帝万岁”、“太子千岁”、“风调雨顺”、“国泰民安”等文字。

    老君山古碑历经沧桑，其中一古碑上的《重修伏魔宫并香火祀田记》讲述了一段未解的历史公案。碑文有“即存一二孑遗，悉保残息于他方”等句和“黄冠刘太秀”等字。有专家认为，此碑文暗示明末崇祯皇帝的太子朱慈烺遁迹老君山，公开身份为黄冠道士。据传，明末李自成进京，崇祯皇帝自缢于景山。后清军入关，天下大乱，朱慈烺逃到道教圣地老君山以求自保。他隐姓埋名，自称“黄冠道士”，在老君山建造“两宫”，做亡明“皇帝”34年，直到清康熙十八年（公元1679年）病逝。其追随者后为他建造陵墓，尊其亡灵为“冥宸”，进行祭扫。他藏身之洞被称为“太子洞”，至今尚存。