众所瞩目的马英九台北市长任内特别费案确定侦结，检方在起诉书中认定，马英九将不须凭单据的特别费新台币1100余万元存入私人薪资账户，未用于公务，又申请为个人财产，涉嫌贪污。市府秘书余文被查出涉嫌贪污76万元，也遭检方依贪污及伪造文书罪起诉。

　　马英九被起诉的罪名是贪污治罪条例第五条第一款“利用职务机会诈取财物”，被检方认定的贪污所得总计新台币1117余万元。

　　据了解，所谓“特别费”是台湾当局编列给各级行政负责人的特别津贴，其中一半须凭单据核销，另外一半不须凭据报销，可由行政负责人在签名后直接领用。长期以来，岛内对“特别费”应如何定性和动支缺乏明确规范。

　　２００６年８月，有民进党籍民意代表告发马英九“违规”使用其台北市长任内特别费，台检方随后展开相关调查。