国民党廉能委员会公布调查报告表示，经查马英九汇入账户内的特别费已全部用罄，并无任何结余，无法认定马英九有贪污侵占的故意与行为；与检方说法大相径庭。

　　据“中央社”报道，廉能会并认定特别费属于业务费，与属于职务加给的特支费有别，同时将特别费汇入“首长”账户是配合“政府政策”，无所谓侵占；至于特别费执行非必由“首长”亲自为之，可由他人或配偶代劳。

　　廉能会报告也指出，马英九前市长室幕僚以方便行事方式，为“首长”报销特别费，致生疑义，马英九并未授意，也未核实，应无犯意，也无纵容部属犯罪之事。至于市长室幕僚核销原始凭证确有疏失，应予以检讨。

　　廉能会也表示，经查马英九市长任内公益捐款达6809万元，远逾以领据支领的1547万元的特别费，纵使扣除竞选补贴款捐赠新台湾人基金会及敦安基金会的4500万元，仍有余额2309万元，所以认定汇入马英九账户的特别款已全部用罄。

　　至于马英九去年11月才捐赠的新台币1000余万元应否纳入特别费支用范围？廉能会说，由于考虑到当时为市长任期内，捐赠对象可视为公益团体，所以可认定为捐赠的一部分；同时即便再扣除，马英九捐款余额仍有1000多万元，计不计入都不影响结果。

　　报告中指出，将特别费汇入“首长”账户是配合政府政策。马英九自1999年至2005年，每年收入三四百万元，每月汇20万元给其配偶，并非自特别费中挪用，来源并无疑义。