牡丹杂交育种是指通过人工杂交，把分散于不同亲系上的优良性状组合到杂种中，对其后代进行多代培育选择，获得基因型纯和或者接近纯和的新品种的育种途径。杂交育种包括自然杂交和人工杂交两种方式。自然杂交又称实生选种，我国90%以上的牡丹品种都是通过自然杂交选育的。人工杂交是有目的地选配亲本，用人工授粉的方法获得杂种后代，并从中培育新品种的方法。