宋金之后的元代是我国历史上一个特殊的发展阶段，虽然整个元代牡丹观赏、栽培发展处于低潮，但元人仍很重视牡丹。第一，元大都牡丹观赏、栽培有所发展，皇宫内栽培有不少牡丹并常有饮宴、赏花活动。第二，元代耶律铸的《双溪醉隐集》卷一中，以赋夹注的形式引用了可能出现于元代的《青州牡丹品》、《陈州牡丹品》等谱录，其中出现了不少牡丹新品种。另外，姚燧的《序牡丹》记述了他自元中统元年（公元1260年）以来，二十九年间在中原各地观赏牡丹的情景。当时燕京（今北京）、长安（今西安）、洛阳、邓州（今属河南）一带仍有牡丹栽植。第三，江南一带的人们仍好牡丹。著名元曲家张养浩的诗《毛良卿送牡丹》记述了当时民间牡丹也不乏奇特的品种。不少宋代牡丹品种经过元代仍然得以保存下来。

　　明清两代是我国牡丹观赏、栽培持续发展时期。其中尤以清代为盛。从康熙到咸丰的二百年间，是中国牡丹观赏、栽培的又一个昌盛时期，先后有多种谱录对牡丹品种进行了总结。根据这些谱录，专家估计清代全国牡丹品种应有五百个。

　　中国牡丹芍药协会常务理事、洛阳国际牡丹园主任霍志鹏介绍，明清以来，中国牡丹发展有以下特点：一是中原牡丹品种数量持续增多，新优品种不断涌现。除西南、江南外，甘肃一带牡丹的普及与繁盛，奠定了中国牡丹四大品种群的基本格局。二是牡丹栽培技术日臻完善，牡丹南下催花已有相当基础。与此对应，牡丹科技文化也较为繁荣，牡丹谱录增多。北方以明代薛凤翔的《亳州牡丹史》和清代苏毓眉的《曹州牡丹谱》为代表；南方以清代计楠的《牡丹谱》为代表，基本上形成了适应北南不同生态环境的两套栽培技术体系。三是中国牡丹继成功东渡日本后，又西流欧美，奠定了在国外发展并成为国际名花的基础。四是牡丹文化持续发展和繁荣，在清代又出现了一个发展高潮。其中，清代牡丹诗词有近千首之多，而且牡丹文化内涵更丰富和普及。清末，牡丹被定为国花。 　　(陈兵）