1991年6月，前南斯拉夫社会主义联邦共和国开始解体。“波斯尼亚和黑塞哥维那”（简称“波黑”，前南6个共和国之一）穆斯林、塞尔维亚和克罗地亚三个主要民族就波黑前途发生严重分歧：穆族主张脱离前南独立，建立统一的中央集权国家；克族也主张独立，但希望建立松散的联邦制国家；塞族则坚决反对独立。

　　1992年3月3日，波黑议会在塞族议员反对的情况下正式宣布波黑独立。4月6日和7日，欧共体和美国相继予以承认。塞族随即宣布成立“波黑塞尔维亚共和国”，脱离波黑独立，卡拉季奇出任总统。三族间爆发了历时三年半的波黑战争。波黑战争是第二次世界大战后在欧洲爆发的规模最大的一次局部战争。

　　１９９５年１１月，在美国主持下，南斯拉夫联盟、克罗地亚和波黑三方领导人签署了代顿波黑和平协议，波黑战争结束。协议确定波黑由波斯尼亚和黑塞哥维那联邦和塞族共和国两个实体组成。波黑联邦和塞族共和国都拥有自己的政府和武装部队。