范仲淹、韩琦同为新进士大夫的领袖，尹洙也是蔡襄歌颂的“四贤”之一，曾被守旧官僚视作范仲淹的同党。此次他们却在修城事件上互相对立，不仅削弱了改革派阵营的力量，而且也进一步加重了宋仁宗对朋党问题的忧虑。

此时西北地区的形势已基本稳定，国内的动乱也暂时平息。宋仁宗似乎觉得可以舒口气了，一年前的改革热情已开始降温，转而更加关注朋党问题。

庆历四年四月，宋仁宗对辅臣说：自古以来都是小人结为朋党，也有君子结党的吗？范仲淹回答：君子、小人各有其党。如果结成朋党做好事，对国家有什么坏处呢？

范仲淹的回答显然无法消除宋仁宗的疑虑。在仁宗看来，既是朋党，总难免有小人之嫌。要想辨明君子、小人，也不是一件容易的事情。就算范仲淹他们是君子结党，这些君子们的自负、偏激、狂妄、强辩等习气也是令人难以容忍的。

同月，欧阳修写成《朋党论》一文，试图为朋党正名。可是这篇文章产生的实际效果却适得其反。首先，欧阳修不但自认是朋党，而且把朋党作为君子的专利。这就说明，以前人们对朋党的议论，并非空穴来风。进而使人们得出结论：凡主张改革、拥护新政的人，全是朋党。其次，圣人早就说过“君子不党”，历代朋党为祸的事实也为人们所熟知，统治者更是以防范臣下结党营私作为维护皇权的首要任务。面对如此强大的传统观念，欧阳修为朋党翻案的论点显然是缺乏说服力的，就连真正的正人君子也不会苟同。最后，也是最重要的，欧阳修明白无误地把官员分为君子和小人，凡赞成其观点者即为君子，反对者则是小人，并且要求宋仁宗按此标准“进贤退不肖”。这无疑是在公开制造分裂和紧张气氛，不但使守旧派对新政人士抱有更深的敌意，也使不少中间人士感到不安，产生动摇，从而给新政带来了更大的阻力。

庆历四年六月，前朝旧臣夏竦以阴谋手段构陷新政人士，迫使范仲淹、富弼离开了京师。